曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa'uld人的舰队之後，各国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。
但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith，他们技术先进、体格健壮，性情粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Wraith是Ancient试验的产物！为了对抗强大的Wraith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Wraith的方法，经历了一次次险象环生的旅程。
【PS】
《星际之门：亚特兰蒂斯》（英文Stargate Atlantis，简称SGA）是作为Stargate SG-1的一个衍生剧集开始的。SG-1本准备继续它的第7季和第二个故事片，但是当SG-1的第8季时，预定的电影变成了2集的季末终结篇"Lost City",Stargate Atlantis的设定也被移到了飞马星系。[10] 这样就可以让这两个节目在同一个虚构宇宙中并存，之后这两个节目甚至开始互相连接，基本上实现了观众想同时看两个节目的愿望。这个节目是由大多数的SG-1原班人马在同一个摄影棚里制作的。
Atlantis于2004年7月16日在（美国）Sci-Fi（科幻）频道初次上演，由en:Joe Flanigan和en:Torri Higginson主演，Rainbow Sun Francks、en:David Hewlett和en:Rachel Luttrell为配角。Hewlett与Higginson先前在SG-1中有角色。在Atlantis的第二季中，en:Paul McGillion和en:Jason Momoa（代替Francks）加入了常规演员的行列。该剧集已在第五季完结。